Orgánom činným v trestnom konaní postúpil Najvyšší kontrolný úrad výsledky svojich zistení pri kontrole hospodárenia v Slovenskom národnom stredisku pre ľudské práva. Potvrdili sa totiž závažné nedostatky pri vynakladaní prostriedkov zo štátneho rozpočtu. Stredisko v rokoch 2001 – 2003 dostalo štátnu dotáciu v sume takmer 21 miliónov korún, pričom až 46 percent z celkovej sumy sa čerpalo na mzdové výdavky a len zvyšok ostal na samotnú činnosť – školenia, kurzy, semináre. Stredisko nevedelo preukázať ani to, že tlačiarenské práce a dodávky, za ktoré zaplatilo, sa naozaj uskutočnili. Časť podnikateľov pritom nemala vôbec oprávnenie vykonávať tlačiarenské služby, iní boli len sprostredkovateľom a služby objednávali u iných dodávateľov. NKÚ vyčíslil, že týmto spôsobom sa zaplatilo takmer 1,5 milióna korún. NKÚ okrem iného prišiel na to, že SNSĽP porušilo zákon o rozpočtových pravidlách v celkovej sume vyše 2,6 milióna korún. Kontrolóri zistili, že faktúry uhrádzalo v hotovosti, neoprávnene vyplácalo zamestnancom odmeny či platilo za prenájom neexistujúcich priestorov. Metódami kontroly sa nezistila hospodárnosť niektorých činností za asi 1,5 milióna. Stredisko o nich totiž nepredložilo žiadne relevantné doklady. Uhrádzalo prevádzkové výdavky za prenájom hotelovej izby pre svoju zamestnankyňu, platilo za právne služby, pri ktorých nebol preukázaný skutočný rozsah poskytovaného poradenstva, či za cesty lietadlom, ktoré nesúviseli s aktivitami strediska. Išlo o dlhodobú kontrolu, o ktorú sa Najvyšší kontrolný úrad usiloval ešte v priebehu obdobia, keď riaditeľom strediska bol Ondrej Srebala. Ten sa jej bránil a činnosť strediska počas trvania jeho funkcie vykazovala len veľmi malo aktivít v prospech zlepšenia ľudských a občianskych práv na Slovensku. Novou riaditeľkou sa stala Viera Mrázová a stredisko začalo svoje úlohy postupne plniť.